Algunos de los episodios destacados de la segunda temporada incluyen:
Destacan especiales de doble duración como The Return of the Revenge of Dr. Blowhole , que demostraron que la serie tenía la calidad suficiente para sostener narrativas de formato largo. Los pinguinos de Madagascar Temporada 1 a la 3 ...
Uno de los aspectos más destacados de la segunda temporada es la introducción de nuevos villanos, como el Duque de Seso, un mono que busca conquistar el mundo, y el Profesor Sheldon, un científico que busca demostrar que los pingüinos no son inteligentes. Los pingüinos también deben enfrentarse a desafíos personales, como la rivalidad entre Skipper y el Capitán. Algunos de los episodios destacados de la segunda